马世和到海启地区后，公开职务是抗战支队第二政工队海四区民运组组长，负责该区以永平乡为中心的开辟工作。1939年夏季以后，民运组工作有较大起色，建立了农民夜校、妇女识字班，创办了农民合作社和农民自卫队等群众社团，同时，还在三阳镇及其附近的中、小学教师中开展了工作。到1939年冬，马世 和在职工队内部及农村、学校中，先后发展了一批党员，这批党员为以后创建抗日民主根据地打下了组织基础。1940年四五月间，马世和随抗战支队北上，任政治工作队队长。在国民党顽固派阴谋镇压抗战支队中的进步人员的前夕，马世和受党组织派遣，冒着生命危险，越过好几处国民党军队的防区，从泗县到达东台，通知有关同志，及时转移到后方。1940年新四军东进，马世和于郭村参加新四军苏北指挥部挺进纵队。郭村战斗胜利后，被派到靖江县委担任妇女部长。不久，又被调到新建的如皋中心县委，担任芦港区委书记。

1940年10月新四军东进通如海启后，党政军指挥机构设立在掘港镇。为了加强党的领导，中共南通中心县委决定先建立掘港、马塘两个党的区委。马世和任掘港区区委书记，她迅速与这个地区原地下党组织接上了关系，联系了一批进步青年，同时放手发动群众，积极支持本地青年干部，把他们推到斗争前列锻炼提高，依靠他们自己的力量，建立了掘港镇店员、青年等抗日协会。在短短一两个月中，她和区委同志在各抗日协会和掘港中学中发展了第一批党员，不失时机地开展了大量的党群工作。1941年1月，马世和任如皋县委组织部长。

1941年11月，苏中四地委派遣马世和只身进入敌占区南通城，担任南通城地下党特派员，负责开辟地下党的工作，配合根据地的武装斗争。马世和进城后，化名马淑华，根据党的指示，运用一切可以利用的社会关系，开展工作。1942年春，她通过亲戚的关系，打进日本人开办的江北中央病院，任护士班国文教师。这所医院的院长、部门负责人和大部分医护人员是日本人，对在院工作的中国人控制很严。护士班的学员大都是刚从初中毕业的中国学生。医务处一位年轻的女职员，很为教务长信任，马世和发现后，就借工作关系与她交往，建立感情，以此作为掩护。

1943年4月，日伪对苏中四分区进行“清乡”，马世和接到四地委紧急通知，要求她设法打入伪特工机关，获取敌人的核心机密，配合根据地的反“清乡”斗争。马世和毫不犹豫地接受了这项艰巨的任务，通过家庭和社会多方面的关系，打入伪特工总部江苏实验区苏北分区总站，做一些画表格、搞统计的工作，她将秘密搜集到的情报，及时转送到根据地。不久，马世和被调到城区特工组，这个组的主要任务是侦查、监视我方进城人员，多方搜集我情报，破坏反“清乡”斗争。城区特工组进出的除敌特人员外，还有被敌软禁的我方人员和自首人员，甚至还有叛徒。特工组长是个老牌特务，他多次试探马世和的政治态度。有一次，这个特务突然通知她去宪兵队，并且不说明任何原因。她沉着地来到宪兵队，被安排坐在一间屋子里，和一个我方被捕人员见面，马世和不动声色、机智地应付了过去。又有一次，特工组长派她去城东看望一个妇女，不讲那人的政治身份和看望目的。马世和去后，经过观察，判断那位妇女是我方人员，心里为她焦急，暗示她迅速离开。谈话尚未结束，组长赶来要马世和回去。事后组长责问她为什么叫那人离开通城。马世和不慌不忙地反问：“你为什么不告诉我她的身份？我正在试探、了解她，谈话还没有完，你就赶来要我走，谁知她是怎样对你讲的？”狡黠的特务被她问得无言以对。马世和多次受到日伪的怀疑、试探，由于她勇敢机智，善于利用敌人内部的各种矛盾和各种可利用的社会关系，多次化险为夷，一直坚持在战斗岗位上。

1943年底，马世和被调至四甲坝特工组搞内勤工作，保管情报资料。一次，她发现一份日伪派遣潜伏在我通东地区的八个特务的名单，迅速地抄报四地委机关。根据地的公安部门，经过查核，将这八个特务一网打尽，消除了隐患。苏中四分区司令员陶勇表扬她起了拿枪的军人所不能起到的重大作用。

马世和战斗在敌人心脏里，同时还要领导地下党员开展斗争。她很注意培养党员、积极分子的独立工作能力，教育党员要坚持党性，提高警惕，掌握隐蔽斗争的策略。1943年春夏间，她通过地下党员发动全城小学教师取得了与伪清乡主任公署进行增薪罢课斗争的胜利；1944年初，全城中学生在地下党领导下，捣毁鸦片烟馆，在政治和经济上给日伪以沉重打击。

马世和进入南通城后不久就染上了肺病。当时无特效药治疗，又因她肩负繁重的战斗任务，得不到很好的休息，致使病情不断加重。1944年7月，马世和病情加剧，住进了基督医院（现南通市第一人民医院）。这时，伪苏北清乡督察专员公署情报室，对马世和的身份已经有所觉察，派出特务对她进行秘密监视。敌人阴谋“放长线，钓大鱼”，妄图将我地下党一网打尽。但是，敌人的这个阴谋为两个受过马的教育影响的、有爱国心的护士得悉，她们分别把情报送给了地下党和马世和。苏中四地委接到南通城地下党的紧急报告后，决定马世和立即撤回，急电指示南通县委设法营救。在医院里，马世和机智对敌，巧妙地应付了宪兵队特务、高等警察课军曹的盘问，冷静地分析了敌情，果断决定：赶在敌人下毒手之前，化装突围。7月30日的傍晚，她在护士的掩护下，剪去辫子，戴上墨镜，从日伪特务的眼皮底下，从容地走出医院大门，在根据地游击队的接应下，回到了解放区。当夜，一卡车武装宪兵开到医院，满以为这下子可将马世和捕获，结果却扑了空。

由于长期积劳，马世和的肺病一天天严重。1946年底，在党组织的安排下，转去上海治疗。1947年6月7日，不幸病逝于上海中山医院，时年25岁。