1939年7月至1943年1月，调任中共东南局党训班研究组组长、支部书记、苏中区党委党训班主任、如皋（东）县委书记兼警卫团政委。1943年2月至1945年10月，任苏中四地委秘工部部长、敌占区工作部部长、城工部部长。

1943年初，苏中区党委、苏中四地委吸取苏南抗日反“清乡”斗争的经验教训，为了粉碎日伪在苏中四分区大规模“清乡”，决定成立党的秘密组织，对外称为“乙种组织”。谢克东首任地委秘密工作部部长，具体领导通如海启各县组建乙种组织。在谢克东的领导和周密部署下，乙种组织坚持“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，待机而动”的工作方针，以准备在各种公开的党和政权组织遭到破坏，活动受到阻碍、限制，不能坚持斗争时，党可以利用和通过乙种组织，保持与各基层组织的联系，了解情况，开展工作，必要时，由乙种组织出面领导群众继续坚持对敌斗争。

在谢克东的精心组织和指挥下，四地委的秘密工作（乙种组织）有序展开。首先，在敌占区、根据地建立健全秘密战线上的党的独立领导系统，建立县特派员由地委秘工部派出、实行地委秘工部和县委书记双重领导的层级交叉工作制。1943年秋，仅海门境内的乙种组织已发展有4个区、11个支部，共产党员117名。这些党员，有的是外来和精简下来又未公开工作的党员，有的是从原来党组织中划出来的面目不太“红”的党员，还有的是在乙种组织建立以后发展的新党员。其次，开展隐蔽斗争：活动隐蔽，纪律严明。领导战斗在敌占区的乙种组织成员，接受党的任务，冒着生命危险，获取日伪的重要情报，保护党的秘密文件，为革命作出了贡献。

1943年12月，海启县委组织部长赵峰在聚星镇（今启东市境内）附近，遇到下乡“扫荡”的日伪军，不幸中弹负伤被捕。随身携带的一包重要文件被伪政工队员搜去。这包文件转到打入海门伪政工团的乙种组织成员李鹤皋手中，李立即向地委秘工部长谢克东作了汇报。根据谢克东的指示，李鹤皋将包中的重要机密文件抽出销毁，其他一般性文件仍上报南通特工组织，从而使党的工作免受重大损失。

1944年春，伪海门特区公署在三厂镇召开公署科长、区长紧急会议，布置“高度清乡”的计划部署，打入海门特区公署任第三科科长的乙种组织成员王承志及时将此计划报告了谢克东，从而使抗日军民在反“清乡”斗争中赢得了主动权。

新中国成立后，曾任江苏省委纪委副书记兼省政府监委第一副主任、省委组织部副部长、南通市委书记兼南通地委第一书记、江苏省人大常委会副主任等职。2001年1月逝世。