【水系】南通境内地势平坦，河沟成网。水系大致以通扬运河、如泰运河为界，北部为淮河流域，面积2200余平方千米；南部属长江流域，面积5700余平方千米。主要骨干河道（一级河道）有焦港河、如海运河、九圩港河、如泰运河、通扬运河、新通扬运河、通吕运河、通启运河、新江海河、北凌河、栟茶运河等，总长742.34千米；二级河道105条，总长1760.58千米。另有众多三、四级河道。各级河道交织成网，相互沟通，经长期建设与整治，形成能引、能蓄、能控制、能调度、能通航利用的河网水系。境内长江岸线166千米，江面呈喇叭形向东南方向伸展，主流水深-10米，区域一般1500米宽，年径流量9800亿立方米，年际变化不大。

【土壤】南通市土壤分为四大类，9个亚类，21个土属，61个土种。4大土类为潮土、水稻土、盐土和棕色石灰土。潮土占耕地总面积86.86%，分布于江北岸古沙洲平原，成土年龄远的约5000年，近的只有一二百年。水稻土占耕地总面积9.43%，主要分布在海安里下河低洼潟湖沉积平原区和南通古河汊水网平原区。盐土占耕地总面积3.71%，主要分布在海安、如东、通州、海门、启东等县（市、区）堤岸内侧带状区域。棕色石灰土分布在市区南郊五山地带。另有达到围垦标准土地后备资源约23万公顷，主要分布在通州湾及以北区域。

【矿藏】南通市境内发育有与侵入岩有关的内生金属矿床。其中，铁储量3000万～4000万吨，属中型，矿品位在40%左右；锌、钼、铋、铜、铅、锡、金、钴、钨等金属，埋深300米以上。其他探明的矿产资源有煤、石油、沼气、江砂、地热等。

【湿地】南通市湿地面积46万公顷。其中，近海湿地36万公顷，其余为河流和人工湿地。全市自然湿地保护率45%。有省级湿地自然保护区1个、省级湿地公园2个和自然湿地保护小区17个。

【海岸带】南通市附近海域处于黄海南部，主体是大陆架，海岸带宽缓平坦，面积1.32万平方千米，是陆域面积的1.65倍。从海安市与东台市交接的老坝港到启东市圆陀角，岸线长206千米，有全国四大渔港之一的吕四渔港和蛎岈山奇观等自然人文景观。