【位置面积】 南通市地处中国东部海岸线与长江交汇处、长江入海口北翼，集“黄金水道”“黄金海岸”于一身，素有“江海门户”之称。南临长江，经苏通大桥、崇启大桥、沪苏通公铁大桥三条跨江通道分别与苏州市、上海市跨江相连，东濒黄海，西北与盐城市接壤，西与泰州市为邻。地理范围为北纬31°41′06″～32°42′44″，东经120°11′47″～121°54′33″，南北跨距114.2千米，东西跨距158.8千米。陆域面积8001平方千米，海域面积8701平方千米。有长江干流岸线166千米，海岸线206千米。作为中国首批进一步对外开放的14个沿海港口城市之一，南通在长江三角洲城市群中具有独特的区位优势，被誉为“江海明珠”。

【地形地貌】 南通市三面环水，形似半岛。全境除长江边狼山一带为山丘地貌外，其余为平原，分为狼山浅丘区、海安里下河低洼潟湖沉积平原区、北岸古沙咀区、南通古河汊水网平原区、南部新三角洲平原区、三余海积低平原区、沿海海积平原及海滩与盐场区。地势低平，地表起伏较微，高程2 ～ 6.5米，自西北向东南略有倾斜。平原辽阔，河、江、海贯通，水网密布是其显著特征。军山海拔108.5米，为全市最高点。

【气候水文】 南通属北亚热带海洋性季风气候，季风影响明显，四季分明，气候温和。年平均气温16℃左右，年平均日照时数1800 ～ 2000小时，年平均降水量1000 ～ 1200毫米。2022年，全市年平均气温略偏高，降水量略偏少，日照正常。

气温 2022年，全市年平均气温16.3℃ ～ 17.2℃，各国家站比常年偏高0.4℃ ～ 1.3℃，其中南通站年平均气温17℃，比常年偏高0.9℃。全市年极端最高气温40℃，出现在8月15日（南通站），打破南通地区高温历史纪录；年极端最低气温-6.3℃，出现在12月23日（海安站）。全年各国家站出现26 ～ 39个高温日，其中南通站全年高温日39天，与该站历史气象纪录持平。

降水 2022年，全市年降水总量858.7～1087.4毫米，各国家站比常年偏少10%～30%，其中南通站年降水量1012.5毫米，比常年偏少10%。全市暴雨日7个，区域性暴雨过程2次。日最大降水量98.6毫米，出现在6月29日（南通站）。入梅偏晚（6月23日），出梅正常（7月11日），比常年偏短（常年平均23天），全市梅雨期梅雨量65～211.2毫米，比常年偏少13%～75%。

日照 2022年，全市日照时数1834.5～2026.1小时，各国家站与常年基本持平。日照偏少时段主要在9月和11月，偏多时段主要在3月、6～7月。南通站日照时数1935.7小时。

水系 南通市境内地势平坦，河沟成网。水系大致以通扬运河、如泰运河为界，北部为淮河流域，面积2200余平方千米；南部属长江流域，面积5700余平方千米。主要骨干河道（一级河道）有焦港河、如海运河、九圩港河、如泰运河、通扬运河、新通扬运河、通吕运河、通启运河、新江海河、北凌河、栟茶运河等，总长742.34千米；二级河道105条，总长1760.58千米。另有众多三、四级河道。各级河道交织成网，相互沟通，经长期建设与整治，形成能引、能蓄、能控制、能调度、能通航利用的河网水系。境内长江岸线166千米，江面呈喇叭形向东南方向伸展，主流水深-10米，区域一般1500米宽，年径流量9800亿立方米，年际变化不大。

【土壤】 南通市土壤分为4大土类，9个亚类，21个土属，61个土种。4大土类分别为潮土、盐土、水稻土和黄棕壤及石灰质土（也称棕色石灰土）。其中前三者为非地带性土壤，后者为地带性土壤。非地带性土壤潮土类，以长江三角洲平原江淮海相河相冲积物为母质，在草甸植被下发育形成，分布于江北岸古沙咀延伸的古沙洲平原。成土年龄5000～6000年，短的只有一二百年。盐土类主要分布在海安市、如东县、通州区、海门区、启东市等县（市、区）堤岸内侧的带状区域。盐土土体及浅层地下水含有过多的可溶性盐分，影响作物正常生长。盐土的形成和脱盐过程是南通市土壤形成的集中表现。水稻土类主要发育在北部里下河洼地古湖相沉积物和中部长江古河汊区河海相沉积物上，是人为的水成土。地带性土壤黄棕壤土类，主要分布在南通市主城区南郊五山地区。其中，军山土颗粒细，有机质含量高，团粒结构好，孔隙度大，水气热比较协调，是园林培育名贵花木或种茶的宝贵土壤。

【植物】 南通市光照强度的时空变化较快，幅度也较大。陆地植物适应光照条件的阳生植物、阴生植物和耐阴阳生植物3个基本类群均有分布，长短日照植物均有生长。除陆地植物外，沉水植物、浮水植物和挺水植物等水生植物类群在南通市分布也很广。全市有野生植物1000余种。其中，银杏、水杉、杜仲、野大豆、鹅掌楸、天目木兰和厚朴属国家级保护植物，卷丹为华东地区珍稀濒危植物。全市比较稀有的植物有松叶蕨和楸树等。野菱、水曲柳、樟树为国家二级重点保护野生植物。五山地区为浅丘，天然森林植物群落在此分布。据调查，五山地区有维管束植物110科297属437种。乔木类型主要优势种为黑松、侧柏、榆树、枫杨、麻栎等；灌木主要优势种有算盘子、六月雪、桑、刺槐、茅莓等；草本类型主要有野胡萝卜、禾草、苔草、酢浆草、景天、婆婆纳等。种子植物以菊科、禾本科、蔷薇科、豆科种类最多，其次是唇形科、蓼科、毛茛科、大戟科。树木种类以松、柏科面积最大，以落叶阔叶乔木和灌木种类最多，杂有樟、女贞、柞木等常绿阔叶树。次生林中温带成分有榆、麻栎、洋槐、枣等，亚热带成分有樟、女贞、海州常山、算盘子、络石等。落叶阔叶–常绿阔叶混交林是南通地区的地带性植被。南通市湿生水生植被分布在全市各级别的河道、池塘、洼地的水面、河漫滩和河岸上，包括长江边及江心洲上，主要有狐毛藻、黑藻、金鱼藻、芦苇、荻、茭白、茨菰、藕、芡实、菱角、水芹、荸荠、菖蒲、水浮莲、水花生、满江红等各种藻类。沼生植物主要分布在海安市西北部，草本沼泽、苔草泥炭藓沼泽、泥炭沼泽均有分布。南通市沿海地区遍布盐生植被，在盐土上生长的耐盐植物主要有盐蒿、碱蒿、中华补血草、羊角菜等，沼生盐土植被主要有大米草、糙叶苔、咸水草、蒲草、芦竹、芦苇等，盐土水生植物主要有川蔓藻、狐尾藻、金鱼藻等。

【动物】 陆地动物 南通市地处北亚热带季风区，气候温和，四季分明，雨量丰沛，水网密布，有利于动物繁衍生存。境内动物以适应农田及丘陵灌丛环境的种类为主。哺乳动物有普通田鼠、褐家鼠、猪獾、黄鼬、刺猬、獐等；爬行类物种有蝮蛇、赤链蛇、王锦蛇、巨蜥、中华鳖等。其中属于省重点保护物种的有赤链蛇、王锦蛇、乌梢蛇和蝮蛇等，巨蜥为国家一级重点保护野生动物。两栖类有黑斑蛙、泽蛙、中国雨蛙、金钱蛙、中华大蟾蜍等。南通市陆地植被繁茂、湿地滩涂广袤、食物饵料丰富，是南北向候鸟迁徙东线的必经之地，野生鸟类资源丰富、品种众多。1985—1988年，南通市开展鸟类普查，留鸟、候鸟、旅鸟等计18目48科254种。进入21世纪后，随着生态环境的改善，观鸟人群的增多和鸟类拍摄技术的进步，发现和记录的野生鸟类品种不断增加。2005年，南通地区有可靠记录的留鸟、夏候鸟、冬候鸟、旅鸟、漂鸟、迷鸟，计19目59科373种，约占全国鸟类品种总数的29%。其中，国家一级保护的有白鹈鹕、黄嘴白鹭、东方白鹳、黑脸琵鹭、青头潜鸭、秃鹫、小青脚鹬、勺嘴鹬、黑嘴鸥、遗鸥、黄胸鹀、中华凤头燕鸥12种；国家二级保护的有卷羽鹈鹕、白琵鹭、鸳鸯、黑冠鹃隼、凤头蜂鹰、赤腹鹰、雀鹰、普通狂鸟、灰脸狂鸟鹰、鹗、红隼、燕隼、灰鹤、小杓鹬、小鸦鹃、长耳、东方角、仙八色鸫等40种；列入濒危鸟类的有勺嘴鹬、黑嘴鸥、小灰山椒鸟、发冠卷尾、紫寿带、小太平鸟、丝光椋鸟、震旦鸦雀等20余种。每年春秋迁徙季时，大量的水鸟和林鸟经过和栖息在市境海岸带地区，是南通市野生鸟类的一大特色。如东洋口港开发区的水鸟数量与品种，达到国际重要湿地标准。

淡水水生动物 南通位于长江下游入海口，境内生活着各种鱼类。其中有在内陆水域栖居的鲤、鲫、鳊、鲂、鳜、黄鳝等，有生活在长江、内河的青、草、鲢、鳙、鲶等，以及鲻、梭、鲈等咸淡水鱼类，还有江海洄游的达氏鲟、白鲟、中华鲟、刀鲚、凤尾鱼、银鱼、河豚、鳗鲡和松江鲈鱼等。其中，中华鲟、白鲟为国家一级保护野生动物。2022年7月21日，白鲟在世界自然保护联盟（IUCN）发布的全球濒危物种红色目录更新报告中被正式宣布灭绝。

海洋动物 南通市境内海水中富含营养物质，水生无脊椎动物虾、蟹、贝类繁多。据统计，南通滩涂贝类资源列江苏沿海各市之首，主要经济贝类有文蛤、青蛤、四角蛤、泥螺、竹蛏和西施舌等9种。近海鱼类有130余种，其中大黄鱼、小黄鱼、带鱼、鲳鱼、梅童鱼、海鳗、鳓鱼、黄鲫和马鲛鱼等多获性经济鱼类75种。

【矿产】 南通市境内发育有与侵入岩有关的内生金属矿床。其中，铁储量3000万～4000万吨，属中型，矿品位在40%左右；锌、钼、铋、铜、铅、锡、金、钴、钨等金属，埋深300米以上。其他探明的矿产资源有煤、石油、沼气、江砂、地热等。

【湿地】 南通市有湿地面积46万公顷。其中，近海湿地36万公顷，其余为河流和人工湿地。全市自然湿地保护率45%。有省级湿地自然保护区1个、省级湿地公园2个和自然湿地保护小区53个。长江南通段干流周边湿地生态系统重点区域包括五山片区、如皋市长青沙北部夹江段滨江滩地、通州区开沙岛湖库湿地、启东市兴隆沙滨江滩地，内陆湿地重点区域包括海安市里下河湿地、通州区石港湿地等。

【海岸带】 南通市附近海域处于黄海南部，主体是大陆架，海岸带宽缓平坦，面积1.32万平方千米，是陆域面积的1.65倍。从海安市与东台市交接的老坝港到启东市圆陀角，海岸线长206千米，有全国四大渔港之一的吕四渔港、蛎岈山和海岸带潮汐树等自然人文景观。