秦超的父亲秦光显以种田为主兼开磨坊维持全家生计。幼年的秦超，经常在家参加些轻微劳动。1917年春，其父托亲戚帮助，送秦超到枣阳城关西街读私塾。1919年五四运动消息传到枣阳，秦超积极参加游行。不久他转入枣阳县高等小学，1923年春考取枣阳白水中学。秦超在白水中学期间经常和学友王恩平、王克勤等一起阅读进步书刊。

1925年春，襄阳发生学潮，震动了枣阳学界。校董张玉朗以县知事文宗祥为后台，有恃无恐，把校产占为己有。秦超在校长和教师的支持下，组织了学生会，秦超被推选为主席。学生会选派代表十余人，找反动校董张玉朗谈判，张避而不见。秦超以学生会的名义发动全校罢课，上街游行示威，不收回校产决不复课。反动当局慑于学生们的声威，惟恐白水中学学生风潮波及其他学校，被迫答应了学生们要求，交回校产。

1925年夏，在武昌加入共青团的赫季毅，回枣阳任白水中学教师，发现秦超等同学思想进步，斗争性强，敢于向反动势力作斗争，就组织他们学习宣传马克思主义的书刊；并根据省学联的指示，正式成立枣阳县学生联合会，秦超为负责人。

1925年秋，经赫季毅介绍，秦超、王克勤等6人加入青年团，1926年春，秦超转为中共正式党员。秦超入党后，更加积极投入革命运动。第一次国共合作时期，中共枣阳县特支根据上级党指示，在枣阳县秘密发展国民党组织，1926年8月中共枣阳县委员会成立。10月，北伐军胜利攻克武汉。不久，国民党枣阳县党部转为公开活动，秦超为县党部委员。12月，枣阳县农民协会成立，秦超为执行委员。

12月中旬，县农协派秦超等人到省农民运动训练班（后为讲习所）学习。他在那里见到了何香凝、刘少奇、叶挺、周恩来等一批知名共产党人士，参加了收回英租界的运动。1927年元月学习结业后，秦超同马恕安、闵慈祥、王庆仙等4人，以省特派员的身份回枣阳指导农民运动。春节期间，中共枣阳县委和国民党县党部，联合农、工、青、妇、商、学等各团体，在枣阳东沙河召开庆祝北伐战争胜利的万人大会，会上秦超参加表演了《打倒土老虎》等话剧。2月19日，枣阳县第一次农民代表大会召开，秦超负责大会宣传工作，他亲自到枣北各区宣传大会决议。在他的努力下，1927年3月，全县各区、乡都建立了农民协会。

1927年4月，县委派秦超、黄火青（黄贤佑）、李永达等到武汉工人运动讲习所学习。5月，夏斗寅叛变，武汉国民政府决定把工人讲习所学员及新兵团等组织成中央独立师。秦超、黄火青、李永达编入第二营第二连，随部队参加了剿灭叛军的战斗。6月初，中共中央决定派人到苏联学习，以培养军事干部，经过连队讨论，秦超被选上。6月他同黄火青、李永达、黄海鸣（女）等从武汉起程，经上海到莫斯科。秦超分到东方大学附属中国特别军事政治学习班学习，一年后，转入莫斯科高级射击学校和步兵学校中国连学习，秦超被选为该连团支部书记。

1930年5月初，根据国内形势发展的需要，秦超、黄火青等奉调回国到达上海。秦超与黄火青由党中央分配到驻在上海的中共江苏省委军委。省军委原将秦超和黄火青2人分配到安徽宣城北边的广德县游击队工作。但由于与游击队的人员在接头工作上没做好，后只得返回上海，被分配到苏北通海地区，任命秦超为红十四军第二师师长、黄火青任政治委员兼参谋长。

1930年5月19日，根据南通特委“一定要打下汤家苴”的指示，秦超和通海特委巡视员刘瑞龙等主持召开了排以上干部和地方干部军政联席会议（当时黄火青政委因战斗负伤未参加会议），讨论了三打汤家苴的部署。

1930年5月20日拂晓，攻打汤家苴的号角吹响了。战斗正在紧张进行，大高桥阻击阵地送来紧急报告，敌人省警队余世梅部从石港乘汽车前来增援。负责在大高桥伏击的二师师长秦超指挥阻击部队奋勇击退敌人的多次冲锋，终因敌众我寡，加之武器太差，红军伤亡很大，师长秦超不幸腹部受重伤，眼看敌人的增援部队很快逼上来了。为避免腹背受敌的危险，刘瑞龙下达了迅速撤出战斗的命令。

秦超受伤后，安全转移到新建七总东北范大林家里，并派李海贵带三四个战士保护他的安全，生活上由仇学山负责照料。当时医疗条件太差，中医李树功无能为力，秦超因得不到有效治疗，于1930年5月26日不幸去世，年仅25岁。

秦超牺牲后，红十四军派人到财政部长俞尊洪处取了100元钱，由红军战士仇连山、仇步章经手，在牧童山买了一具棺材和衣服，买了一块葬地，偷偷地把烈士遗体埋葬在石头镇小学附近一块小麦田里。

1984年秋，中共海门县委在烈士牺牲地货隆大高桥（今四甲镇货隆村）重建秦超墓地。秦超的同乡、生前战友、最高人民检察院原检察长黄火青为秦超题写“秦超烈士墓”，并亲自撰写秦超同志传略。