民国16年（1927），南京国民政府成立，实行《划分国家地方收入暂行标准》和《划分国家地方支出暂行标准》，财政收支划分国家和地方的管理权限。次年，明确划分国家税与地方税（系指省一级的税捐收入，县一级因无独立的税源，本身所需经费全由省政府统筹，不足之数则依赖于附加、摊派及地方征收税捐），建立分级管理又统一于中央政府的税收管理体制，确定地方税收入为：田赋、契税、牙税、典税、屠宰税、房捐、车船捐等，逐步裁撤清末以来的厘金及各种类似的遇卡即征的通过税，废除苛捐杂税。南通为解决财政支出，在贯彻废除苛捐杂捐时收效不大，随裁随生，在正税之外，附征公安捐、厕所捐、灰船捐、粪船捐、行政费、教育费、自治费、保卫费、警备费等捐费，民众负担沉重，反对强烈。民国20年（1931）裁撤厘金与常关税，扩大统税货品课税范围。为了抵补裁厘减收损失，同年5月，南通开征营业税。民国25年（1936）7月，国民政府新创所得税正式出台，因次年全面抗战爆发，南通付诸实施则在抗战胜利之后。

民国27年（1938）3月17日，日军侵占南通。民国29年（1940）3月，南京汪伪政权成立。汪伪政权宣称：“继承原国民政府民国26年11月20日通告中迁都重庆以前之法统。”税收基本上沿袭原国民政府税制，以后虽陆续公布和修订一系列税收条例、法令及规章，但未脱离抗日战争前的税制体系。这段时期，南通设有近20个税务机构，先后征收货物税、统税、营业税、所得税以及各种专税、特税、特捐等40多种。

抗日战争胜利后，国民政府调整税制，逐渐形成直接税、货物税、地方税三大体系。南通按国家税和地方税分别设置税务机构，征收的主要税种有货物税、营利事业所得税、薪给报酬所得税、证券存款利息所得税、财产租赁所得税、一时行商所得税、个人综合所得税、特种过分利得税、遗产税、印花税及盐税等中央税；地方税有营业税、营业牌照税、屠宰税、使用牌照税、筵席及娱乐税、房捐等。此外，南通地方政府还自立章法，抽收畜力捐、房产特捐、绥靖临时费、兵役费、供应费、自卫费、保甲费等各项杂捐杂费。

民国35年（1946）1月，南通按《国产烟酒类税条例》，对烟类（烟叶、烟丝）和土酒征收烟酒税，恢复开征营业税。4月，国民政府对所得税法作了修正，扩大征收面，所得税由3类（第一类营利事业所得税、第二类薪给报酬所得税、第三类证券存款所得税）改为5类（增加了第四类财产所得税、第五类营利所得税）。6月，南通开征各类所得税。8月16日，国民政府颁布《货物税条例》，废止抗战前颁布的《货物统税条例》，南通县按新颁条例规定征收货物税。同年，开征非常时期过分利得税、遗产税、印花税。民国36年（1947）1月，废除非常时期过分利得税，南通按新颁《特种过分利得税》，就列举的行业所得超过资本额60%部分作为利得课税。7月，开征综合所得税。对个人所得税，除课征分类所得税外，其所得总额超过60万元者，加征综合所得税。10月，国民政府财政部改订财政收支系统，将原属直接税系统征收的营业税，移交地方接收，有7种行业改征特种营业税。民国37年（1948）3月，废除特种营业税，恢复征收普通营业税。

在抗日民主根据地和解放区，民国31年（1942）2月，中共中央华中局颁布《抗日根据地财政经济政策（草案）》，较系统地规定了税收有关条例及施行范围。此后，南通等县除实施公粮和税收外，还根据苏中行政委员会和苏皖边区政府制定的有关税收法令、税目、税率及征免的有关规定，征收进出口货物税、货物产销税、牙税、营业税、屠宰税、契税等。当时，税收工作处于战争环境，情况复杂，变动频繁。一切从确保战争胜利出发，严格执行有关税收政策、法令，贯彻“合理负担，税不重征”原则，对确有困难的工商户，经民主评议后适当给予减免。根据地和解放区的税收，除正税外，不再附加其他杂捐杂税，得到广大群众的拥护和支持。

1949年2月，南通城解放，成立南通市税务机构，遵照中央关于“暂时沿用旧税法，部分废除，在征收中逐步整理”的原则，废除国民政府的苛捐杂税，沿用部分解放区的税种。4月起，统一按苏北行政公署颁布的税制执行，征收的税种有屠宰税、货物产销税、印花税和营业牌照税等，以解决财政之需。1950年，新税制建立，南通税制历史翻开新的一页。