南通市滨江临海，远古时为汪洋一片，长江从上游带来的泥沙沉积成一块块沙洲。沙洲并接与陆地相连，才有了今日的南通，而南通市区最早被称为胡逗州（或作胡豆洲、壶豆州）。宋初成书的《太平寰宇志》中记载：在海陵县（今泰州），东南二百三十八里海中有一块名叫胡逗洲的沙洲。上世纪60年代南通历史地理研究者陈金渊先生按照这一记载提供的方位，结合地质地貌的考察，提出了胡逗洲的范围包括今南通市区在内，得到国内学术界的认可。胡逗洲是南通市区最早的地名。记述胡逗洲始见于《梁书》，《南史》和《通鉴》也载有相同的内容，都载录了梁承圣元年（552）梁将羊鹍的军队等在胡逗洲近岸的船上诛杀判将侯景的经过，记有侯景和洲上居民的对话，可见那时洲上已有人居。

南通在有行政机构之前，先有兼掌军政的镇和军。史载唐僖宗乾符二年（875）狼山镇遏使王郢作乱，当时含狼山在内的市区有狼山镇之称。宋代南通地方志《通川志》记载，唐末以后本地由姚姓统治，东洲镇遏使姚存制之子廷珪统治时设东洲静海军，他开始筑城，城址在原通师一带，廷珪之侄彦洪继续统治时设静海都镇。南唐保大初设静海制置院，后周显德五年（958）正月，周占领后改为静海军。或镇或军，静海在五代时期是用得最多的称呼，与今南通市区大致相合。

显德五年三月，后周升静海军为通州，下设静海、海门两属县。静海县的范围略同于今南通市区，通州的州治（州衙所在地）设在静海县内州。静海县开始时有县治、职官，后来成虚设，至明洪武三年（1367）便撤省了，静海县至今还在柳家巷留下了县城隍庙的遗迹。

宋朝设静海县外，政和七年（1117）通州还改为静海郡，不久又恢复为通州。

通州在北宋天圣元年（1023）改称崇州，10年后，又恢复了通州的旧称，这是为什么呢？

乾兴元年（1022）宋真宗赵恒死云，其子赵桢年幼登位，不能料理朝政，刘太后掌握了国家大权。太后之父名通，我国有避名讳的传统，太后便用皇帝的名义下令全国，凡地名有“通”的，一律改换，通州便成了崇州。宋代成书的《舆地纪胜》只称改为崇州，但天圣元年王随写的《文庙记》中有“崇川居淮甸之左……”句，可见当时又称崇川，南通地方史研究前辈管劲臣先生以为崇州是正称，崇川为雅称，有如通州也被雅称为通川一样。

明道二年（1033）刘太后死去，赵祯得知刘太后一直冒充他的生母，他的生母原是太后的侍女李氏，所好太后生前留了李氏性命，死后以皇后之礼殡葬，赵祯也未对刘太后大加报复，只是停止对刘家的种种优待，废除了为刘通避讳，通州也恢复了原名。

民国元年（1912）全国称县，通州改称南通县。按江苏省暂行市乡制，改定县以下行政单位的名称，以辖区人口在4万以上的称“市”，不足4万人口的称“乡”。清宣统二年（1910）通州全境曾分为13个镇8个乡，在这一基础上，南通县将镇改为市，乡的名称不变。这样南通县全境有南通市、金沙市、四安市、平潮市、唐闸市、石港市、观永市、竞化市、余西市、余东市、刘桥市、吕四市等13个市和三乐乡、三益乡、余中乡、垦牧乡、骑岸乡、白蒲乡、兴仁乡、刘海沙乡等8个乡。那时南通市的范围约等现今的崇川区。这种市、乡区域划分直到1927年国民党掌握了南通县政权后，以区为单位，“南通市”的名称才结束也逐渐被人们忘却了。1949年2月2日南通县全境解放，次日南通市从中析出，另行设市。