南通成陆最早的地方是海安、如皋一带，位于扬泰古沙嘴的最东端。南通地区的历史起源，相关志书一般都从西周（公元前11世纪）算起，距今3000多年。20世纪70年代青墩新石器遗址的发现，将南通地区成陆史和人类活动的历史上推到距今6000年前。

1973年8月，位于南通西北端的海安县沙岗公社青墩大队在开挖河道时发现大量陶、石、骨器和兽骨等古代遗物。之后，南通博物馆（现名南通博物苑）、南京博物院等单位开展发掘和考证工作，认定这是一处新石器时代的遗址。经过20多年持续不断的研究，国内权威专家一致认定，青墩新石器遗址是江淮东部具有很高历史价值的一处重要遗址。勘测发现，青墩遗址最下层的原生青灰色淤沙土为较典型的河口型堆积，证明当时此地处于长江口；中层出土的木炭经碳14测定，距今5015±85年（树轮校正值6525±110年）。由此可见，南通地区人类文明史当从青墩起。

根据青墩遗址的考古发掘资料，专家们推断，当时居住这里的人们处于新石器时代晚期父系氏族阶段。青墩遗址中的墓葬多为单人葬，并出现一男一女和一男二女的合葬墓。凡男墓葬皆随葬石斧、石凿、石锛、箭镞等生产工具，而女墓葬随葬装饰物较多，并有陶纺轮、骨针等物。可以看出，当时社会结构以男性为中心，男子从事主要的生产活动，女子从事辅助性的手工劳动。

据考证，以青墩为中心的海安西部一带，在远古时期气候湿润，土壤肥沃，古青墩人的生产活动以刀耕火种的原始农业和渔猎为主。遗址中发现数百件麋鹿、獐、野猪等兽骨，其中麋鹿骨角占大多数，还发现用麋鹿角制成的回旋镖（也叫“飞去来器”）。遗址中蚌蛎壳、鱼骨堆积层达15至20厘米，表明渔猎是当时先民谋生的重要手段。在遗址最下部发现的炭化稻谷确定为偏粳型稻谷，说明古青墩人已开始种植水稻。骨等劳动工具的发现，表明青墩的原始农业进入锄耕阶段。专家们还推断，粳型稻作农业从淮河上游的河南舞阳（贾湖遗址），途经青墩，最终传到日本九州。

以陶器制作、纺织、原始建筑为主的原始手工业在这一时期已经出现。青墩遗址出土了大量的夹砂灰陶器，有罐、鼎、钵、壶、豆等。古青墩人就地取材，用碾碎的蚌蛎壳代替砂粒搀入陶土烧制夹砂陶；用葛藤为原料捻纱织布。当时先民们已能构造简陋的居室，编扎芦苇涂泥作墙壁和顶盖。青墩遗址中的“干栏式”木构建筑是原始民居的典型代表。

商品交换开始出现。青墩一带无山无石，但在遗址中不仅有大量的石器，还有玉璧、玉琮等玉制饰物。这无疑是用剩余产品交换的结果。青墩遗址中出土的新月形猪獠牙，据推测可能作为原始货币之用。此外，青墩遗址出土遗物中还发现表面刻有印痕的麋鹿角、骨或骨簪。专家们认定这些刻纹为原始文字符号，可能用来占卜。

距今约4000年前，海平面逐步上升，淹没了江淮的沿海地区。然而，从青墩发源的江海文明之火，随着海陆变迁和地域拓展，薪火相传，生生不息。