当时一支由知识青年瞿犊、王进领导的抗日武装，在海启地区以英勇善战、军纪严明而深受群众欢迎。但是，国民党反动当局将瞿、王两人秘密杀害，一时海启各界舆论大哗。季方对此十分愤怒，即向国民党江苏保安第五旅旅长兼海门县县长孙信符提出抗议。并回上海将此种种向“华东武装抗日自卫委员会”和江苏各界旅沪人士汇报反映，大家推派季方到重庆向国民党中央反映敌后情况，遭冷遇，幸得国民党军事委员会战地党政委员会副主席李济深、秘书长邵力子等人的关注，随后季方以国民党战地党政委员会少将指导员名义经香港乘轮返沪。在法租界码头上岸时，随身携带的夹底皮箱被查出战地党政委员会敌后工作规划等文件，被法巡捕房拘禁。汪伪得悉，要求引渡。法方否认，将季方转移监禁约两个月，最后押上去香港的轮船，驱逐出境。几经辗转回到苏北，在李明扬部（鲁苏皖边区抗日游击总指挥部）任参谋长，得到新四军苏北指挥部总指挥陈毅的支持，与黄逸峰、李俊民、朱克靖等一起，密切合作，展开对李明扬、李长江、陈泰运和其他上层人士的统战工作，辗转泰州、如皋等地，组织和援助苏北各派军队抗日工作。

1940年下旬，陈毅请季方出面，以国民党战地党政委员会指导员的身份，在掘港镇召开国民党系统的党政军联席会议，提出与新四军民主合作、团结抗战的主张，成立江苏省第四区抗日游击指挥部，公推季方为指挥，薛承宗、徐承德为副指挥；各县行政依旧，由专员公署统一领导。成立经济委员会以统一财政收支。瞿犊、王进牺牲后，所部以茅珵为队长，韩念龙为指导员，已由崇明过来在启、海一带抗日，即扩编成崇、启、海常备旅，作为指挥部的基本武装。此时，季方看出韩德勤、徐承德等人并非真正与新四军合作抗日，就发动苏四区各界人民团体，联名电请新四军苏北指挥部，对苏四区实行统一领导。1941年3月，划通如海启地区为苏中第四军分区，季方任分区司令员，向明任政委。南通、如皋、海门、启东地区，建立起巩固的抗日民主根据地。日伪则增筑据点，频繁轰炸扫荡，斗争日趋激烈。

1942年3月，季方临危受命，兼任苏中第四行政专员公署专员，发表《敬告通、如、海、启、崇同胞》，号召军民扩大自卫武装，粉碎敌伪扫荡，推行民主政治，健全乡保机构，整理公粮及财政，肃清贪污浪费，保障人权，尊重法纪，取缔烟毒，根绝社会祸害。1942年底，日伪准备在苏中四分区开始“清乡”。季方家10多间瓦房，也全被敌伪拆毁修筑据点。季方家门附近的三阳镇据点，敌伪构筑3次，根据地军民拔除3次。掘港放弃后，司令部几乎天天移动，季方随带部队不过一连人，坚持打游击，战士称其为“大队长”。

1943年，敌伪对通、如、海、启进行梳篦式清乡。季方和陶勇在党的领导和人民的支持下，厉行精兵简政，将主力部队全部跳出樊篱，在外线灵活机动打击敌人；民兵和便衣武装则始终在“清乡”区内，顽强与敌周旋，并组织领导群众几十万人次破击篱笆，尤其“七一”夜，在主力部队掩护下，在苏中其他分区支援下，在300里长封锁线上联合行动，烧篱笆，割电线，锯电杆，挖公路，使日伪惨淡经营了3个月的篱笆封锁毁于一夕，再难重新修复。敌伪烧杀活埋，灭绝人性，斗争异常残酷。季方带领机关、部队顽强与敌周旋。四分区军民经过半年艰苦卓绝的斗争，终于取得反“第一期清乡”胜利，受到苏中区党委嘉勉。

1943年秋，季方奉命到安徽黄花塘新四军军部述职，并参观、考察苏皖边区各抗日民主根据地。在新四军军部休整学习加强和深化了季方的辩证唯物史观。1944年春，季方回苏中，调任苏中行政公署副主任兼司法处长，行署工作实际由季方负责，期间，季方组织开展落实了粮赋工作、盐棉管理、货币斗争、合作社工作、兴家计划以及育人工作。1945年8月，季方参加苏中人民代表会议，当选为苏中行政公署主任。

  新中国成立后，季方曾任江苏省副省长、农工民主党中央委员会主席、全国政协副主席等职，1987年12月逝世。